第二道任务是净化堕落灵韵者。侵蚀晶窟位于灵韵维度的最深处，这里的灵韵晶体全被污染成暗黑色，窟内布满了虚灵留下的瘴气，数十只堕落灵韵者在窟内游荡，它们的精神核心闪烁着红光，体表缠绕着暗灰色能量，不断攻击靠近的灵韵生物。“不能用强制手段净化，会伤害他们的精神核心。”冬凌的图腾骨与堕落灵韵者的精神核心产生共鸣，“他们的神智被虚灵能量压制，需要用‘精神共鸣唤醒法’，让他们的本源意识战胜污染。”
陈默将起源平衡印的能量注入冬凌的图腾骨，金色能量与橙色能量融合，形成一道“精神唤醒光带”，光带覆盖住整个侵蚀晶窟。冬凌的意识融入光带，与堕落灵韵者的精神核心建立连接：“醒来吧，灵韵的族人，你们的家园需要你们！”灵韵生物的意识流也加入进来，无数温和的意识波动汇聚成一道“意识洪流”，冲击着堕落者体内的虚灵能量。林羽的生命能量形成绿色光雾，融入光带，滋养着堕落者的精神核心，增强他们的本源意识。
但仍有十只堕落灵韵者的精神核心被深度污染，意识洪流无法唤醒他们，反而激发了体内的虚灵能量，他们的体型膨胀，变成了“巨型堕落者”，体表的暗灰色能量更加浓郁，朝着众人发起攻击。“寒，冻结他们的行动！”陈默的起源平衡剑劈出能量斩，暂时阻挡巨型堕落者的攻击。寒的灵韵冰刺冻结了堕落者的四肢，让他们无法移动。苏瑶的探测器解析出堕落者的精神核心位置：“他们的核心在头部，需要将净化能量精准注入，才能清除深层污染！”
陈默和灵韵之主同时释放能量，形成一道金紫交织的“精准净化束”，瞄准一只巨型堕落者的头部核心。净化束穿透堕落者体表的暗灰色能量，注入精神核心，核心中的虚灵能量开始消散，红光逐渐变为淡紫色。当第一只堕落者恢复神智时，他立刻加入意识洪流，帮助唤醒其他同伴。就这样，众人一边唤醒普通堕落者，一边净化巨型堕落者，经过五个小时的努力，最后一只堕落者终于恢复神智，侵蚀晶窟的瘴气被彻底净化，暗黑色的晶体重新恢复淡紫色光泽。
第三道任务是摧毁虚灵母巢，这也是最危险的任务——虚灵母巢位于虚无宇宙，要抵达那里，需要重新打开能量裂缝，穿过裂缝后还要面对无数虚灵的围攻。灵韵之主的意识核心释放出一道“虚灵能量追踪信号”：“这道信号能定位母巢的位置，还能暂时屏蔽我们的能量波动，避免被虚灵发现。”阿混沌改造了穿梭舰的引擎，加装了“虚灵能量防护罩”：“穿梭舰能在虚无宇宙航行三个小时，必须在能量耗尽前返回。”
众人乘坐穿梭舰，在灵韵核心塔的能量支持下，重新打开了一道小型能量裂缝，裂缝的另一端是一片漆黑的虚无空间，空间中漂浮着无数暗灰色的“虚灵卵”，远处一颗直径千米的“虚灵母巢”正不断释放出虚灵，母巢的表面布满了能吞噬能量的“能量吸盘”，吸盘连接着无数能量管道，延伸到周围的虚灵卵中。“母巢的核心在顶部，那里是能量输出的源头！”苏瑶的探测器锁定母巢核心位置，“需要摧毁核心，才能让母巢停止产生虚灵。”
“灵韵生物负责吸引虚灵注意力，我们去摧毁核心！”陈默的起源平衡印释放出能量屏障，保护穿梭舰不被虚灵发现。灵韵生物们释放出灵韵能量，吸引了大量虚灵的注意，它们朝着灵韵生物的方向飞去，为穿梭舰开辟出一条通道。穿梭舰快速靠近母巢，阿混沌的灵韵共振炮连续开火，轰开母巢表面的能量吸盘，露出内部的能量管道。
当穿梭舰抵达母巢顶部时，母巢突然释放出一道巨型虚灵瘴气，笼罩住整个穿梭舰，舰体的防护罩瞬间被污染，屏幕开始黑屏。“启动备用能量！”阿混沌按下紧急按钮，混沌锚晶的能量注入防护罩，暂时抵御瘴气的侵蚀。陈默、寒、冬凌三人跃出穿梭舰，陈默的起源平衡剑劈开瘴气，寒的灵韵冰刺冻结母巢顶部的能量管道，冬凌的灵韵图腾狼抵挡前来围攻的虚灵。
母巢的核心是一颗暗灰色的“虚灵母晶”，它正不断释放出虚灵能量，滋养着整个母巢。陈默将起源平衡印的能量全部注入起源平衡剑，剑刃爆发出金紫交织的光芒，他踏地跃起，剑刃直指虚灵母晶。母晶释放出一道巨型能量束，试图阻挡陈默的攻击，寒的灵韵冰墙挡住能量束，冰墙虽然崩解，却为陈默争取了时间。冬凌的灵韵图腾狼扑向母晶，狼爪撕裂母晶的表层，陈默抓住机会，剑刃刺穿母晶的核心。
虚灵母晶发出刺耳的碎裂声，暗灰色能量瞬间消散，化作无数宇宙尘埃。母巢开始崩解，周围的虚灵卵失去能量滋养，纷纷破裂，虚灵们失去能量来源，体型逐渐缩小，最终消散。陈默三人快速返回穿梭舰，阿混沌立刻操控穿梭舰穿过能量裂缝，当穿梭舰驶出裂缝的瞬间，灵韵之主立刻关闭裂缝，彻底切