南新郡蛮帅田彦生率部反叛围城，沈庆之遣柳元景领兵驰援。城陷后蛮兵焚掠屯驻白杨山，柳元景合围强攻，宗悫率先破敌，群蛮震服。沈庆之头戴狐帽被称“苍头公“，率军破茹丘山蛮兵，斩俘数万，获粮畜甚众。随王刘诞筑城安置降蛮。
沈庆之率军进击讨诸山犬羊蛮。犬羊蛮沿险要山势筑起双重城墙，设门和望楼，险峻山上多木石可投掷御敌。蛮民编军立帅，铁马成群。沈庆之连营山中，令军内挖池防火。大风夜，蛮兵持火炬袭营，以池水灭火，弓弩退敌。庆之凿山受阻，设六戍班师。蛮民久困降，俘送京为营户。
元嘉二十七年，沈庆之迁太子步兵校尉。太祖欲北讨，庆之谏言骑兵不敌步卒，昔檀道济、到彦之皆失利，今王玄谟不及二将，六军势未胜前，帝仍决意出征。南终收复，王师再受屈，有别的原因；因檀道济纵敌不击以自重，到彦中途发病。魏依仗骑兵，夏水浩瀚，黄河流通，我军乘船北上敌军必定逃窜，滑台小戍易拔掉。攻克这两戍，居其馆食
沈庆之谏阻北伐，称虎牢、洛阳难守，冬防薄弱易遭胡马南侵。徐湛之奉命驳斥，沈庆之以“耕问农、织问婢“喻军事当询武将，书生谋战必败，帝笑纳。
宋军北伐时沈庆之佐王玄谟克碻磝，玄谟久攻滑台未果。魏主亲征，萧斌遣沈庆之援玄谟。沈庆之言玄谟师老兵疲，须重兵驰援，萧斌强令出兵。及玄谟败退，沈庆之谏阻萧斌斩将，称临阵杀逃将恐致军溃，当留力抗敌。太祖问其故，沈庆之答保全败将可安军心，利再战。
萧斌欲坚守碻磝，沈庆之谏言深入敌境不宜久守孤城，恐失青冀，重蹈滑台覆辙。适逢诏书禁退，众将主守，沈庆之强调将在外需专断，讽刺萧斌空守范增之才。萧斌等笑其谈学，沈厉声回应。王玄谟败退求戍碻磝，萧斌退历城，申垣据守清口。驿召回援时魏军至彭城，刘义恭留沈庆之为参军。拓跋焘至卯山，刘遣沈截击，沈以寡不敌众拒行。太祖赞其河防部署得宜，唯憾未弃碻磝，特允其违诏成事。
元嘉二十八年派沈庆之从彭城迁徙流民千家到瓜步，征北参军程天祚迁徙江西流民到南州，
元嘉二十九年北伐，沈庆之谏阻未纳。因意见相左未允北进。时司马黑石、夏侯方进在西阳五水煽动群蛮叛乱，波及淮汝至江汉地区。十月遣沈庆之统兵讨伐，诏豫荆雍三州发兵受其节制。元嘉三十年正月，世祖驻五洲亲督诸军。沈庆之奉命至五洲议事，恰逢董元嗣报刘劭弑逆。沈庆之返山调兵，断言“萧斌怯弱，余将皆旧识易制，今顺讨逆必成“。诸军会师后授其征虏将军。世祖还寻阳，沈庆之与柳元景共劝即位未果。刘劭遣门生钱无忌劝降，沈庆之囚使禀太祖。
世祖即位，任沈庆之为领军将军加散骑常侍，后出任使持节，督南兖等四州军事，任镇军将军、南兖州刺史，驻盱眙。平叛后帝念将帅之功，封沈庆之，柳元景县公，各食邑三千户；宗悫县侯二千户；徐遗宝县侯一千五百户；沈法系县侯，顾彬之县侯，各千户。特临轩拜授，并令沈庆之移镇广陵。
正月鲁爽反，帝遣王玄谟溯淮水攻寿阳，统领诸将。时荆江二州叛，召沈庆之率部驻武帐岗，率甲士五十人驻六门。爽遣弟鲁瑜据蒙茏，历阳太守张幼绪攻之败退。庆之渡江伐爽，爽闻讯退兵自守后路。庆之与薛安都击溃鲁爽，阵斩之。帝进庆之镇北大将军，督青冀幽三州，赐鼓吹。因破贼有功晋爵一级。后与柳元景同授开府仪同三司辞受，改封郡公，食邑如故。
沈庆之七十请辞，帝嘉其意准奏，授侍中等职，其屡辞未果。多次上表当面泣诉：“张良得退，臣何德久留？“帝允以郡公致仕，赐钱米卫卒。後帝复命仍辞。
大明三年刘诞据广陵反，帝命沈庆之持节督三州军事伐之。军至欧阳，刘诞遣宗亲携书劝退赠刀。庆之斥其罪，率军至城下。刘诞登城问：“公白首何来？“沈庆之答：“朝廷以君狂悖愚蠢，不值劳动少壮”皇上考虑刘诞可能北逃，让沈庆之阻断他北逃路。沈庆之把军营迁到白土，离广陵城十里。又沈庆之进军新亭，刘诞突围失败退回广陵。沈庆之驻军洛桥，因雨未成烧东门。其侄沈僧荣遣子沈怀明率骑兵助战。沈率军填河筑道，建攻城器械。适逢夏雨难攻，宋文帝使庾徽之奏免沈职未果。刘诞送酒食被焚，投函请转奏遭拒。沈每战身先士卒，帝劝其勿亲临矢石。四月至七月破城，屠城并斩刘诞。朝廷授沈司空，其辞不受，与柳元景同待遇，朝会位列司空。沈庆之体恤吏卒五十人，门前设木栅拦阻人马。
大明四年五水蛮复叛，沈庆之率军讨伐，一年平定，俘万人。
沈庆之居清明门外，四宅富丽。迁居娄湖献宅于官，令亲族聚居，广辟田园谓：“钱尽在此中“家资巨万，奴婢千人，两献钱谷。求改封南海未准，蓄美妾十人。闲居宴乐，唯朝贺出行。随猎骑射矫健如昔。