江苏巡抚岳起是一位难得的清官，他上任后，立刻开展查亏工作，发现江苏省官员亏空共计三百万两白银。他上书嘉庆帝，请求朝廷下令，让相关官员限期填补亏空。嘉庆帝下令照准，但江苏省的官员们却阳奉阴违，纷纷将家产转移到外地，或者虚报填补亏空的数额。有些官员甚至联合起来，诬陷岳起“苛待同僚”“虚报亏空”，想要将他排挤出江苏。
岳起多次上书，揭露官员们的阴谋，但嘉庆帝为了稳定江南官场，只能对这些官员从轻发落，仅仅将几名主要责任人革职查办，其余官员则既往不咎。岳起心中愤懑，却也无能为力，最终郁郁而终。岳起的遭遇，让许多清官寒心，也让贪官污吏更加肆无忌惮。
反腐的同时，嘉庆帝还要面对各地层出不穷的起义。嘉庆五年，河南、安徽一带爆发了天理教起义。天理教是白莲教的分支，首领林清、李文成等人都是底层百姓，因不满官府的横征暴敛和贪污腐败，走上了起义的道路。他们以“真空家乡，无生老母”为口号，宣扬“劫富济贫”“反清复明”，迅速吸引了大量农民、手工业者、矿工加入。
林清是北京大兴人，原本是一名药铺学徒，因不满官府的欺压，加入了天理教。他为人豪爽，善于笼络人心，很快成为了天理教的首领。李文成是河南滑县人，曾是一名木匠，因被贪官污吏勒索，家破人亡，后来也加入了天理教。两人志同道合，暗中联络，秘密筹备起义，想要在嘉庆十八年九月十五日发动袭击，攻占紫禁城，推翻清朝统治。
为了筹备起义，林清、李文成等人四处奔走，筹集粮草、武器。他们在河南滑县建立了起义根据地，打造了大量的刀枪、弓箭，训练起义军士兵。同时，他们还暗中联络了宫中的一些太监、侍卫，想要里应外合，攻占紫禁城。宫中的太监刘金、刘德才等人，因不满宫中的待遇，被林清收买，答应在起义时为起义军打开宫门。
嘉庆十八年九月十五日，林清按照预定计划，率领两百多名天理教信徒，乔装打扮成商贩、杂役、乞丐，混入北京城中。他们在紫禁城东华门、西华门附近集结，等待宫中太监的信号。中午时分，东华门的守卫因吃饭而放松了警惕，刘金趁机打开了东华门的侧门，天理教信徒们手持刀枪，高喊着“反清复明”的口号，冲入了宫中。
“不好了！有人闯宫！”东华门的守卫见状，吓得魂飞魄散，连忙关闭宫门，但已经有数十名天理教信徒冲入了宫中。他们在宫中四处冲杀，逢人便砍，宫中的太监、宫女吓得四处逃窜，一片混乱。有些天理教信徒甚至冲到了养心殿附近，想要刺杀嘉庆帝的嫔妃和皇子。
此时的嘉庆帝，正在热河行宫打猎。他效仿乾隆帝，想要通过南巡、打猎等活动彰显自己的统治权威，同时放松身心。接到紫禁城被袭的奏报后，嘉庆帝当场气得浑身发抖，差点从马上摔下来。“这帮废物！连宫门都看不住！”嘉庆帝怒吼道，声音嘶哑，眼中充满了耻辱与愤怒，“传旨给北京留守大臣，立刻调动禁军，镇压闯宫逆贼，务必保护好后宫嫔妃和皇子们的安全！朕即刻起驾回京！”
北京留守大臣庆桂接到圣旨后，不敢怠慢，立刻调动禁军入宫镇压。天理教信徒虽然英勇善战，但毕竟人数有限，装备简陋，面对装备精良、训练有素的禁军，很快便陷入了劣势。战斗持续了整整一夜，冲入宫中的天理教信徒全部被斩杀，林清也在混乱中被抓获。
嘉庆帝回京后，看着宫中狼藉的景象，心中充满了无尽的愤怒与自责。太和殿的门槛被砍断，墙壁上沾满了血迹，宫中的许多器物被毁坏，太监、宫女死伤数十人。这是自明朝末年以来，第一次有起义军攻入紫禁城，这无疑是对清朝统治的巨大打击，也是嘉庆帝一生的耻辱。
“朕继位以来，兢兢业业，整顿吏治，镇压叛乱，为何还会出现这样的事情？”嘉庆帝在养心殿中，对着群臣怒吼道，“都是你们这些废物！平日里贪污受贿，玩忽职守，关键时刻连宫门都守不住，朕留你们何用？”群臣吓得纷纷跪倒在地，不敢吭声。
嘉庆帝下令彻查此事，结果发现，除了宫中太监、侍卫被收买外，负责京城防务的官员也因玩忽职守，未能及时发现天理教的密谋。直隶总督温承惠、河南巡抚高杞早就收到了天理教准备起义的密报，但他们为了隐瞒不报，竟然将密报压了下来，导致起义军顺利发动了袭击。
“所有参与此事的太监、侍卫，一律凌迟处死，诛灭三族！”嘉庆帝咬牙切齿地说道，“温承惠、高杞玩忽职守，贻误军机，着即革职查办，凌迟处死！其余相关官员，一律降职查办，永不叙用！”随后，林清也被凌迟处死，李文成率领的河南天理教起义军，也在清军的镇压下节节败退，最终全军覆没。
天理教闯宫事件，给嘉庆帝带来了巨大的打击。他意识到，自己的反腐KpI虽然取得了一定的成效，但并没有从根本上解决问题。吏治腐败、百姓困苦、军队战斗力低下，这些根深蒂固的问题，依然在侵蚀着大清王朝的统治根基。他开