与此同时，边防的整顿也在紧锣密鼓地进行着。彼时的大明，北有蒙古鞑靼部的侵扰，南有倭寇的肆虐，边关的防线，如同一张千疮百孔的破网。张居正深知，边防不固，则国无宁日。他一改前朝“重文轻武”的陋习，大力提拔有勇有谋的武将，给予他们充分的信任与权力。
在北方，他重用戚继光。戚继光曾在东南沿海平定倭寇，战功赫赫，却因不擅钻营，一直得不到重用。张居正得知后，亲自召见戚继光，与他彻夜长谈，询问边防之策。戚继光提出，要加固长城，整顿军纪，训练精兵，张居正当即应允，拨出巨款，让戚继光负责蓟镇的边防整顿。戚继光不负厚望，他在蓟镇修筑空心敌台，训练戚家军，制定严明的军纪，让原本涣散的边关将士，变成了一支虎狼之师。此后数十年，蒙古铁骑再也不敢轻易叩关南下，北方边境一片安宁。
在东北，他重用李成梁。李成梁骁勇善战，却性情刚烈，得罪了不少朝中官员。张居正力排众议，任命他为辽东总兵，掌管辽东的防务。李成梁到任后，整顿军纪，修缮城池，多次击败女真部落的侵扰，威震辽东。在张居正的支持下，李成梁镇守辽东三十年，女真各部皆不敢妄动，辽东边境固若金汤。
在东南沿海，张居正延续了戚继光的抗倭策略，派遣俞大猷等名将，肃清了沿海的倭寇残余，恢复了海上贸易的畅通。一时间，大明的边防，东起辽东，西至甘肃，南抵福建，北达蒙古，皆固若金汤，百姓得以安居乐业。
在张居正的苦心经营下，大明王朝迎来了一场久违的中兴。万历六年，户部统计，全国的财政收入达到了八百万两白银，是隆庆年间的两倍有余；全国的垦田面积，比隆庆年间增加了三百万顷；边关的粮仓里，堆满了足够十年食用的粮食；百姓的生活，也渐渐富足起来，街头巷尾，再也看不到流离失所的乞丐，取而代之的，是熙熙攘攘的人群，是琳琅满目的商铺。史称“万历中兴”。
然而，这场轰轰烈烈的改革，却如同一把双刃剑，在挽救大明的同时，也将张居正推向了风口浪尖。他得罪的人太多了，那些被剥夺了土地的豪强地主，对他恨之入骨；那些被罢免的庸官，对他咬牙切齿；那些因改革而失去既得利益的宗室勋贵，更是将他视为眼中钉、肉中刺。
更让张居正始料未及的是，他与那位少年天子之间的关系，也在悄然发生着变化。
万历皇帝朱翊钧，自登基之日起，便由张居正担任帝师。张居正深知，天子是国之根本，他对朱翊钧的要求，严苛到了近乎不近人情的地步。每天凌晨，天还未亮，张居正便会准时来到文华殿，督促朱翊钧读书；朱翊钧稍有懈怠，便会遭到严厉的斥责；朱翊钧想要玩耍，张居正便会搬出祖训，晓之以理，动之以情。李太后更是将张居正视为“擎天柱石”，时常对朱翊钧说：“汝若不听话，便让张先生来教训你！”
年少的朱翊钧，对张居正充满了敬畏。他看着张居正严厉的眼神，听着他滔滔不绝的教诲，只能乖乖地读书写字。可随着年龄的增长，朱翊钧渐渐有了自己的主见，他开始觉得，张居正管得太多了。他是九五之尊的皇帝，却连出宫游玩的权力都没有；他想要赏赐自己的亲信，却被张居正以“国库空虚”为由驳回；他想要提拔自己的外戚，却被张居正以“无功不受禄”为由拒绝。
万历八年，朱翊钧已经十八岁，他亲政的念头越来越强烈。可张居正依然把持着朝政，大小事务，皆要由他过目。朱翊钧看着张居正那副大权在握的样子，心中的不满，如同野草般疯长。他开始觉得，张居正不是在辅佐他，而是在架空他；张居正不是大明的忠臣，而是权倾朝野的权臣。
万历十年六月，北京城的天气异常炎热。张居正因为长期操劳，积劳成疾，终于病倒了。他躺在病榻上，依旧心系朝政，强撑着身体批阅奏折。可他的身体，早已油尽灯枯。弥留之际，他望着窗外的天空，喃喃自语：“愿大明，长治久安……”说完，便溘然长逝，享年五十八岁。
张居正的死讯传来，朱翊钧先是愣了半晌，随即，脸上露出了一丝不易察觉的轻松。他下令，追赠张居正为上柱国，谥号“文忠”，给予了他极高的哀荣。可这份哀荣，不过是暴风雨前的宁静。
张居正一死，那些蛰伏已久的反对者，便如同嗅到了血腥味的豺狼，纷纷跳了出来。他们联名上书，弹劾张居正，罗列了他的“十大罪状”“专权乱政”“贪污受贿”“结党营私”“藐视皇权”……桩桩件件，皆欲置张居正于死地而后快。