石亨、徐有贞等人，早就对于谦恨之入骨。如今大权在握，自然不会放过这个机会。他们联名上奏，诬陷于谦“谋立外藩，意图谋反”。这是一个足以株连九族的罪名。
朱祁镇看着奏疏，心中五味杂陈。他知道，于谦是忠臣。北京保卫战中，若不是于谦力挽狂澜，坚决主战，坚守京师，大明江山早已落入瓦剌之手。可他更记恨，在他被俘后，于谦第一时间拥立朱祁钰为帝，断绝了他回京复位的希望；更记恨这七年来，于谦始终是朱祁钰最得力的臂膀，助他稳固江山，让自己永无出头之日。
“皇上，”徐有贞看出了朱祁镇的迟疑，上前一步，语气急切，“于谦不死，复辟无名！”
这句话，像一把尖刀，刺穿了朱祁镇最后的犹豫。他猛地一拍龙案，沉声道：“传朕旨意，将于谦、王文等人押赴西市，斩首示众！”
天顺元年正月二十二日，北京城内寒风凛冽，黄沙漫天。西市的刑场上，挤满了围观的百姓。当于谦身着囚服，被押赴刑场时，人群中响起了一片呜咽之声。百姓们纷纷跪倒在地，哭着为于谦喊冤。
“于大人，您是忠臣啊！”“皇上冤枉好人了！”“没有于大人，咱们早就成了瓦剌的奴隶了！”
于谦神色平静，目光坚定地望着前方。他没有为自己辩解，也没有流露出丝毫的畏惧。他想起了北京保卫战的烽火，想起了百姓们的疾苦，想起了自己毕生追求的“清白”二字。行刑前，他高声吟诵：“千锤万凿出深山，烈火焚烧若等闲。粉骨碎身浑不怕，要留清白在人间！”
刽子手的刀落下，鲜血染红了雪地。一代忠臣，就此殒命。百姓们痛哭流涕，纷纷上前，想要为于谦收尸。有一位白发老者，颤巍巍地端着一碗酒，洒在地上：“于大人，这碗酒，敬您的忠魂！百姓们永远记得您的恩情！”
于谦的家被查抄时，锦衣卫的士兵们惊呆了。这位权倾朝野的兵部尚书，家中竟然清贫得家徒四壁。除了皇帝历次赐予的服饰和宝剑，再无半点多余的财物。消息传到宫中，朱祁镇沉默了许久，心中第一次升起了一丝悔意。
复辟成功后，石亨、徐有贞、曹吉祥等人果然得到了朱祁镇的重赏。石亨被封为忠国公，子孙世袭，赏赐的府邸富丽堂皇，堪比王府；徐有贞升任内阁首辅，兼兵部尚书，权倾朝野；曹吉祥被任命为司礼监掌印太监，总督三大营，掌控了宫中的军政大权。
三人仗着拥立之功，变得愈发骄横跋扈。石亨大肆提拔亲信，朝中官员大半出自他的门下，甚至连他的家奴都当上了大官。他还公然侵夺民田，兼并土地数千顷，百姓们怨声载道。有一次，石亨竟然带着心腹闯入文华殿，直接向朱祁镇索要官职，要求将自己的两个家奴封为锦衣卫指挥使。朱祁镇虽然心中不满，但念及旧功，还是答应了他的要求。
徐有贞则一心想要独揽朝政，与石亨、曹吉祥产生了矛盾。他利用内阁的权力，处处排挤石、曹二人，而石亨和曹吉祥则联手在朱祁镇面前诋毁徐有贞。曹吉祥更是买通了锦衣卫，诬陷徐有贞“图为不轨”。朱祁镇本就对徐有贞的专权有所不满，闻言大怒，将徐有贞贬为庶民，流放云南。
徐有贞倒台后，石亨和曹吉祥更是肆无忌惮。石亨的侄子石彪，被封为定远侯，镇守大同，手握重兵，与石亨内外勾结，形成了一股庞大的势力。他们在朝中结党营私，贪污受贿，陷害忠良，弄得朝政腐败，人心惶惶。
朱祁镇渐渐察觉到了石亨和曹吉祥的野心。他发现，自己虽然夺回了皇位，却又陷入了另一个权臣专权的困境。石亨的势力越来越大，甚至已经威胁到了皇权。有一次，朱祁镇与大学士李贤谈论政事，李贤直言道：“陛下，石亨等人倚仗夺门之功，目无君上，其野心昭然若揭。若不加以遏制，恐生祸乱。”
朱祁镇深以为然。他开始暗中布局，想要削弱石亨和曹吉祥的势力。天顺三年七月，朱祁镇以石彪图谋不轨为由，将其召回京城，关进了锦衣卫大狱。石亨得知后，又惊又怒，想要为石彪求情，却被朱祁镇拒绝。不久后，锦衣卫查出石亨与石彪勾结，意图谋反的证据。朱祁镇下令，将石亨削夺爵位，关进监狱。同年冬，石亨在狱中不堪受辱，绝食而死。
石亨的死，让曹吉祥陷入了恐慌。他知道，下一个就轮到自己了。曹吉祥的侄子曹钦，时任都督同知，手握部分兵权。叔侄二人商议，与其坐以待毙，不如发动政变，夺取皇位。
天顺四年二月初六，曹钦召集了五百多名心腹士兵，约定在第二天凌晨发动叛乱，杀死朝中大臣，拥立曹吉祥为帝。然而，就在叛乱前夜，都指挥马亮因为害怕事败被杀，偷偷跑到宫中，向朱祁镇告发了曹吉祥的阴谋。
朱祁镇大惊，当即下令关闭皇城及京城九门，逮捕曹吉祥，并派兵围剿曹钦的叛军。曹钦得知阴谋败露，只好提前发动叛乱。他率领士兵攻打长安门，却遭到了守军的顽强抵抗。叛军久攻不下，军心涣散。曹钦见大势已去，只好带着残部逃回家中，投井自杀。
三天后，曹吉祥被押赴西