忽必烈的这些行动，既务实又高效，仅一个月便让漠南的军务有了明显改善：民兵的训练水平提升，禁军与民兵的协同更顺畅，春季防务预案落实到位，漠南的安定局面也得到巩固。这些变化被枢密院的官员们看在眼里，王判官在枢密院会议上道：“忽必烈暂代提调以来，漠南军务进步显着，可见他确有能力掌兵，朝廷可考虑提前批准他的正式诉求。” 萧虎也将忽必烈的表现奏报给皇帝，为后续的正式决策提供了重要参考。
忽必烈暂代 “漠南军务提调” 一个月后，萧虎与枢密院将忽必烈的表现、漠南的变化、以及正式掌兵的建议奏报给皇帝，皇帝结合 “朝局平衡、军务需求、宗室态度”，最终做出批复，同时制定了 “正式掌兵的具体安排”，确保权力交接平稳，不引发新的矛盾。
首先是 “皇帝的批复内容”。皇帝在批复中明确：“准忽必烈正式掌漠南三万兵，任‘漠南总兵官’，受枢密院节制，驻军邢州、怀孟、京兆三地；军队编制为‘一万禁军、两万民兵’，禁军从中枢抽调，民兵从漠南现有民兵中选拔；军费由朝廷拨付三成，漠南屯田供应五成，剩余两成由漠南商税补充；忽必烈的家眷需迁往中都居住，作为质子，每年可返回漠南一次。” 批复既满足了忽必烈的核心诉求，也通过 “受节制”“质子”“军费分担” 等条件，对其权力进行制衡，符合元代 “宗室掌兵需制衡” 的原则。
其次是 “正式掌兵的仪式安排”。朝廷决定在白虎殿举行 “授兵仪式”，仪式规模中等，邀请中枢重臣、部分宗室参加，不邀请草原诸王的代表，避免引起不必要的关注。仪式流程包括 “授印、授符、训话” 三步：授印为 “漠南总兵官印”，由枢密院判官王大人授予；授符为 “调兵符”（分为两半，一半由忽必烈保管，一半由枢密院保管，调兵需两半合符），由萧虎授予；训话由皇帝的代表（中书省丞相）进行，强调 “忠君、守边、协同” 三大原则，提醒忽必烈 “不可专权，不可扰民”。
再者是 “权力制衡的具体措施”。朝廷在忽必烈正式掌兵后，还制定了三项制衡措施：一是 “枢密院派监军”，向漠南派一名枢密院监军，负责监督军队的训练、作战与粮草使用，监军有 “直接向皇帝奏报” 的权力；二是 “白虎堂情报独立”，草原细作营向漠南传递的情报，需同时抄送枢密院与忽必烈，避免忽必烈垄断情报；三是 “军队轮换”，漠南的一万禁军每两年轮换一次，避免禁军与忽必烈形成过度绑定。这些措施既确保忽必烈能正常行使兵权，又防止其权力过大，兼顾了 “效率” 与 “安全”。
此外，朝廷还 “安抚其他宗室与官员”。对反对忽必烈掌兵的阿里不哥，朝廷任命他为 “草原部落联络使”，负责与漠北部落的沟通，给予其一定的政治地位，减少他的不满；对支持忽必烈的旭烈兀，朝廷赏赐其 “漠南良田千亩”，表彰其 “支持朝廷决策”；对中枢官员，朝廷则强调 “漠南掌兵是为朝廷整体利益，非为某一宗室”，要求官员们 “配合忽必烈的军务，不得因私怨设置障碍”。这些安抚措施有效缓解了各方的矛盾，为忽必烈正式掌兵创造了良好的环境。
皇帝的批复与后续安排，既体现了对忽必烈能力的认可，也展示了朝廷对权力平衡的掌控。忽必烈接到批复后，立刻前往白虎殿谢恩，对皇帝的 “信任与制衡” 表示理解：“本王定不负陛下与朝廷的信任，守好漠南，协同禁军与白虎堂，为中都与草原的安稳尽绵薄之力。” 萧虎也对忽必烈道：“王爷正式掌兵后，咱们更需紧密协同，草原的安稳，离不开中枢与漠南的一心。” 两人的对话，标志着忽必烈求掌兵权的过程基本结束，漠南的防务也进入了新的阶段。
忽必烈正式掌兵漠南后，不仅改变了漠南的防务格局，也对中都的中枢权力、草原的部落关系产生了深远影响 —— 形成了 “中枢 - 漠南 - 草原” 的新平衡，既巩固了朝廷对漠南的控制，也为后续应对草原异动奠定了基础，同时也埋下了宗室权力斗争的新伏笔。
首先是 “漠南防务格局的改变”。忽必烈掌兵后，迅速落实 “禁军 - 民兵协同” 机制：在漠南的三地各设一座 “军务大营”，禁军与民兵混编驻扎，每日共同训练，每月进行一次协同演练；同时，他按之前制定的预案，加强驿路防卫与牧地巡查，仅半年时间，漠南的草原盗匪便减少了八成，驿路通行效率提升，流民归附者也增加了三万余人。漠南的安定，不仅减轻了中都的防务压力，也为朝廷节省了大量军费 —— 户部尚书在年度奏报中提到：“漠南军费较去年减少四成，屯田粮食却增加两成，宗室掌兵