白莲教起义的高潮在嘉庆三年（1798年）后逐渐消退。这年三月，王聪儿、姚之富在湖北郧西被清军围困，突围无望后跳崖自尽，年仅二十二岁。此后，徐天德、冷天禄等首领也相继战死，义军余部在川陕山区坚持游击战，直至嘉庆九年（1804年）才被彻底镇压。

    这场历时九年的起义，给清王朝带来沉重打击：清军损失近十万人，耗费军饷超过二亿两白银（相当于清廷五年财政收入），“国库存银为之一空”。更重要的是，它打破了“康乾盛世”的虚假繁荣，暴露了清廷吏治腐败、军备废弛、民生凋敝的深层危机，成为王朝由盛转衰的分水岭。

    魏源在《圣武记》中评价：“白莲教之役，川陕楚之民死者数百万，清廷元气大伤，此后内忧外患接踵而至，不可遏止。”

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