中路军由薛叔似指挥，攻打蔡州（今河南汝南），也没取得进展，最后只能退兵。
西路军的情况最糟糕。吴曦不仅按兵不动，还暗中派使者到金朝，表示愿意割让四川，向金称臣。金兵封吴曦为“蜀王”，吴曦就在四川做起了土皇帝，宣布脱离南宋。
北伐开始不到半年，宋军三路皆败，只有毕再遇在东路取得了几次小胜，但独木难支。韩侂胄这才发现，自己高估了宋军的实力，低估了金兵的抵抗。更让他头疼的是，后院起火了——四川叛变，吴曦成了叛徒。
吴曦叛变的消息传到临安，朝野震动。韩侂胄又气又急，连忙派安丙为四川宣抚司随军转运使，去平定叛乱。安丙本是吴曦的部下，表面上顺从吴曦，暗地里却在联络忠义之士。
当时，有个叫杨巨源的义士，是兴州（今陕西略阳）的校官，他联络了李好义等几位将领，商量除掉吴曦。杨巨源说：“吴曦背叛国家，我们作为大宋臣子，岂能坐视不管？”李好义说：“我愿带头杀贼！”
开禧三年（1207年）二月的一个夜晚，李好义率七十多名勇士，翻墙进入吴曦的王府。此时吴曦正和小妾喝酒作乐，听到外面有动静，刚想问怎么回事，李好义已经冲了进来，大喊：“奉诏杀叛贼！”吴曦吓得躲到床底下，被勇士们拖出来，一刀砍死。
吴曦一死，他的部下纷纷投降，四川很快被平定。杨巨源、李好义等人因平叛有功，受到朝廷嘉奖。
四川的叛乱虽然平定了，但北伐的败局已经无法挽回。金朝趁机提出条件：南宋必须割让淮南土地，赔偿军费，还要交出策划北伐的罪魁祸首。韩侂胄气得暴跳如雷，说：“我宁可战死，也不接受这种屈辱！”他准备重整旗鼓，继续北伐。
但此时的南宋朝廷，已经没人支持他了。主和派杨皇后（宁宗的皇后）和她的哥哥杨次山，早就对韩侂胄不满，认为他挑起战争，危害国家。他们联合了礼部侍郎史弥远，密谋除掉韩侂胄。
史弥远，字同叔，明州鄞县（今浙江宁波）人，是南宋初年宰相史浩的儿子。此人表面上温文尔雅，实则心机深沉，擅长权谋。他看到韩侂胄北伐失败，民心尽失，便决定趁机夺权。
史弥远首先找到了杨皇后。杨皇后为什么恨韩侂胄？原来当年韩侂胄曾阻止宁宗立她为后，两人早就结下仇怨。史弥远对杨皇后说：“韩侂胄专权跋扈，挑起战争，导致生灵涂炭，若不除掉他，国家危矣。”杨皇后点头同意，让他便宜行事。
得到杨皇后的支持，史弥远开始策划政变。他联络了参知政事钱象祖、李壁等人，还收买了韩侂胄的亲信周筠，让他做内应。
开禧三年（1207年）十一月三日，韩侂胄像往常一样坐轿去上朝。走到六部桥时，突然冲出几百名士兵，拦住了他的轿子。为首的是夏震，他是史弥远安排的殿前司公事。
韩侂胄掀开轿帘，厉声喝道：“你们要干什么？我是平章军国事！”夏震回答：“有旨，罢免你的官职，送你去临安府！”韩侂胄说：“有旨？我怎么不知道？”夏震不再废话，指挥士兵把韩侂胄连人带轿抬到了玉津园（今杭州玉皇山南）。
到了玉津园，夏震拿出一条绳子，说：“奉皇后旨意，赐韩平章死。”韩侂胄这才明白过来，破口大骂：“杨后误我！史弥远小人！”但为时已晚，士兵们用绳子将他勒死，时年五十五岁。
韩侂胄死后，史弥远派人把他的首级装在盒子里，送到金朝，作为求和的礼物。金朝这才同意和谈，双方签订了“嘉定和议”：南宋向金称“伯侄之国”，每年纳贡银三十万两、绢三十万匹，赔偿军费三百万两，史称“嘉定和议”，比之前的“隆兴和议”更加屈辱。
除掉韩侂胄后，史弥远成了最大的赢家。他先是被任命为知枢密院事，不久后升任右丞相，开始了长达二十六年的专权生涯（1207—1233年）。
史弥远掌权后，做的第一件事就是清洗韩侂胄的旧部，同时提拔自己的亲信。他把当年参与策划政变的钱象祖、李壁等人都排挤出去，独揽大权。宋宁宗虽然对史弥远的专权不满，但性格懦弱，又没有实权，只能听之任之。
嘉定十四年（1221年），宁宗的太子赵询病死，史弥远提议立宗室子赵贵和为太子，改名赵竑（hong）。赵竑对史弥远的专权很不满，曾指着地图说：“等我即位后，就把史弥远流放到这里。”他还在墙上写下：“史弥远当配八千里。”
这些话很快传到了史弥远耳朵里。史弥远心想：“这太子留不得，得另找一个听话的。”他派人四处寻找宗室子弟，最后看中了一个叫赵与莒（ju）的人，此人是宋太祖赵匡胤的十世孙，当时只有十七岁，性格温顺，便于控制。史弥远把他接到临安，改名赵贵诚，让他学习礼仪，准备将来取代赵竑。
嘉定十七年（1224年），宋宁宗病