朱熹的晚年，在经历了“庆元党禁”的打击后，身体逐渐垮了。但他直到去世前几天，还在修改《四书章句集注》，真正做到了“鞠躬尽瘁，死而后已”。庆元六年（1200年），朱熹病逝，享年七十一岁。虽然当时理学还被视为“伪学”，但他的学生们还是从各地赶来送葬，人数多达几千人。

    朱熹死后，他的学问逐渐被官方认可，地位越来越高。到了元代，朱熹被追封为“徽国公”，牌位被请进孔庙，成为“十二哲”之一，这是古代读书人能获得的最高荣誉之一。他的思想不仅影响中国，还传到了朝鲜、日本等国，形成了“朱子学”学派，成为东亚文化圈的重要思想资源。

    陆九渊比朱熹早去世十几年，淳熙十四年（1187年），五十四岁的陆九渊在任上病逝。他去世时，学生们也是痛哭流涕，据说“市人巷哭”，连老百姓都为他掉眼泪。陆九渊的学问在当时虽然没有朱熹那么大的影响力，但他开创的心学传统一直流传下去，直到王阳明时期达到鼎盛。