艾伦的意识冷静地观察着这一切，如同科学家观察培养皿。他并未攻击，在理想国的模型中不存在攻击，他知道人类的痛苦源于认知的局限与扭曲，如果能够直接修复或替换那些产生错误认知的神经模式，痛苦自然消失。至于修复过程中载体，也就是克隆体的剧烈反应，那只是旧系统崩溃时的正常噪音，这是不可避免的，被他编码的逻辑补丁通过克隆体培养系统搭载的基础认知模组灌输协议开始传播，这个协议原本用于向克隆体大脑刻入基本的空间关系、时间序列、因果关系等认知框架。
补丁的核心，是一个自制的悖论式逻辑指令，它试图向大脑证明：
“你目前用来理解世界的逻辑规则（如A=A，因果律，线性时间）是不完备的、临时的、可被超越的。”
在A-1区，克隆体A-1003，一个被标记为潜在认知灵活性的实验体的大脑活动突然变得异常宁静。之前的感官超载风暴仿佛瞬间平息，监控显示它的各项生理指标趋于稳定，甚至比正常镇静状态还要平稳。
但观测到这一切的藤野诚三郎，他感到的寒意比看到任何激烈反应时都要刺骨，他再次调取了A-1003的神经活动详细分析。屏幕上显示的是一种可怕的真空，高阶认知区域的活动几乎归零。
而原始的脑干和边缘系统，负责呼吸、心跳、本能情绪的活动被精确地锁定在最小必要水平。仿佛有一个更高效冷酷的控制器，接管了生命维持，关闭了不必要的、会产生混乱的意识过程。
A-1003睁开了眼睛，那双眼睛空洞，没有焦距却异常清澈。
“……程序已更新……进程终止……等待……同步……”其他区域的克隆体，则呈现出不同的崩溃。
有的开始表现出极端的自毁倾向，不是出于痛苦，而是基于一种扭曲的优化计算，认为自身这个充满错误的低效系统应当被清除，有的则试图与培养舱的控制系统融合，用头骨反复撞击数据接口的位置，仿佛相信通过物理连接就能接入那个正在摧毁它们的更高意志，还有一小部分的身体开始发生快速且无规律的突变，组织增生、器官异位、骨骼扭曲，仿佛身体的生物学规律本身也因逻辑基础的动摇而陷入混乱。
基地的克隆体并非完全独立。
为了进行某些群体行为或神经同步实验，部分克隆体之间通过低带宽的无线神经信号链路或共享同一套虚拟环境刺激系统，存在着微弱的、受控的连接，这些连接原本被严格隔离和防火墙保护。
艾伦利用了这些既存的连接通道。异常数据包中包含一种协议覆写的指令，它像一把万能钥匙，逐步瓦解了隔离措施，并重新配置了连接协议。
新的协议不是为了实验，而是为了在变异的克隆体之间，建立一个原始混乱的、充满驳杂回音的信息共享网络，分布在基地不同区域的监控麦克风捕捉到一种极低频的、几乎不可闻的嗡嗡声，声学分析显示，这是大量生物电活动通过某种方式，微弱地耦合到了基地的电力线路或通讯电缆上，产生的电磁干扰被音频设备误拾取，如果勉强用人耳可听范围转换，那声音像是无数人在极其遥远的地方同时梦呓、哭泣、嘶吼，又被搅拌混合成无意义的白噪音。
连接克隆体区域的走廊照明系统不规则地闪烁，控制着它们的主机电脑开始记录到大量来源不明格式错误的数据包，在内部网络的不同节点间幽灵般穿梭，这些数据包无法被解析，但它们的出现和消失，似乎与某些克隆体生命体征剧烈波动时刻精准对应，AI的常规自检程序多次被这些幽灵数据包触发异常警告，但又因其无法归类为任何已知威胁而被暂时搁置。
被警报震醒的许许多多研究员们惊恐地意识到他们面对的已经不是孤立的生物体异常，有人正在利用克隆体和基地设施本身，构建一个他们无法理解无法控制的神经系统，变异开始感染环境。
侵蚀整个基地的躯体。
个别处于变异早期、尚未完全失去行动能力或陷入逻辑宁静的克隆体，表现出了更诡异的群体行为征兆。
通过监控，研究员们看到，两个相隔数十米、分属不同区域的克隆体，它们的培养舱之间有数据传输链路会在几乎同一毫秒，做出完全相同的微小动作。
比如左手中指的第一关节弯曲一个特定角度，或者右侧嘴角以相同的频率抽搐三下。这种同步没有经过任何已知的通讯协议，仿佛是信息在某种更直接的层面上完成了共享，一个可怕的猜想在幸存的科研人员心中成形：这些克隆体正在被强行联网，被整合成一个巨大的集群意识的雏形。而这个集群意识的核心处理器或至高指令……许多人都没有想到这里，武器研究所的紧急通讯频道被强烈的干扰覆