马昱不得已，只得将殷浩贬为庶人，流放到东阳郡信安县。从此，内外大权都集中在桓温手里。13

    升平二年（358年），当时穆帝已到始冠之年（二十岁），司马昱意欲还政于穆帝，但穆帝不许。

    兴宁三年（365年），司马昱听说冠军将军陈佑放弃洛阳，便与桓温在洌洲会面，共同商议征讨事宜。不久，哀帝司马丕驾崩，此事搁置起来。哀帝崩后，由琅玡王司马奕即位，褚太后以琅邪王绝嗣为由，再封司马昱为琅邪王（作为储君），又封司马昱之子司马曜为会稽王。司马昱不肯受封，尽管被封琅玡却未去会稽王之称。