年（326年），拜散骑常侍。咸康八年（342年），晋成帝司马衍病危，司马曦与会稽王司马昱、中书监庾冰等人担任顾命大臣，辅佐朝政，历任镇军大将军、开府仪同三司、秘书监等要职。永和八年（352年），进拜太宰。太和初年（366年），受到入朝不趋、赞拜不名、剑履上殿的特殊荣誉，司马曦拒绝接受。司马曦本无文才，喜好练兵，大司马桓温十分忌惮。太和六年（371年），其弟会稽王司马昱即位为帝，是为简文帝。桓温上表诬告司马曦谋反，请求简文帝将其赐死。简文帝一再坚持，司马曦逃过一死，流放新安郡。

    太元六年（381年）十月，司马曦在新安郡逝世，享年六十六岁，追封为新宁郡王，谥号为威。太元十二年（387年），孝武帝司马曜下诏恢复司马曦武陵王爵位。