太宁元年（323年）二月，司马绍将父亲晋元帝安葬在建平陵。15
六月初六日，司马绍立妃庾文君为皇后。16
王敦虽于永昌元年（322年）就回到武昌遥控朝廷，但因为图谋篡位，于太宁元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司马绍于是以手诏征召王敦。同年，武卫将军王允之乘酒宴而知道王敦的图谋，于是回京告诉其父荆州刺史王舒。于是，王舒与王导一同报告晋明帝，得以早作防备。17
及后，司马绍积极准备京师建康的防护18
，最终于当年七月成功击败王敦派出、王含统帅的进攻建康的军队，平定了王敦之乱。王敦之乱平定后，司马绍下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以琅琊王氏宗族占据诸州以凌弱皇室的失衡情形。19
去世
太宁三年（325年）三月初二日，司马绍立长子司马衍为皇太子。20
闰八月十九日（10月12日），司马绍健康状况不佳，召太宰、西阳王司马羕、司徒王导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、护军将军庾亮、领军将军陆晔、丹杨尹温峤，一起接受遗诏，辅助皇太子司马衍。闰八月二十五日（10月18日），司马绍病逝于东堂，享年二十七岁。闰八月二十六日（10月19日），皇太子司马衍即皇帝位21
，是为晋成帝，为父亲司马绍上谥号为明皇帝，庙号肃祖（《资治通鉴》作肃宗22
）。九月十一日，司马衍将司马绍按葬于武平陵。
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为政举措
司马绍聪明敏捷，能随机断事，尤其明白事理。在位期间，兵乱连年，饥荒不断。死于饥荒战乱瘟疫者，超过人口之半，国家空虚社会凋敝十分严重，国事极端艰难。又值王敦挟兵威而震慑人主，将欲窃夺神器。司马绍虚与周旋，养成其恶，以弱制强，潜心谋划，当机独断，肃清大凶。又调整荆、湘等四州将领，以分散长江上游地方势力，拨乱反正，加强根本而削弱枝叶，虽在位时间短暂，但对安定国家大局的影响深远。25
东晋自建国以来，北方侨姓士族与南方吴姓士族之间的矛盾一直很尖锐，吴姓士族往往受到排挤与压制。明帝为了稳定东晋政权，临终前一个月，还下诏说：“吴时将相名贤之胄，有能纂修家训，又忠孝仁义，静己守真，不闻于时者，州郡中正亟以名闻，勿有所遗。”力图调解这个矛盾，以期打破宗族界限，为国家选拔人才。在临终遗言中，他要诸臣为自己治丧时“务从简约”，不得奢侈。26
历史评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之六：“明明肃祖，阐弘帝胙。英风夙发，清晖载路。奸逆纵忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷渊塞，高罗云布。品物咸宁，洪基永固。”27
南朝齐·谢赫《古画品录》：“虽略于形色，颇得神气。笔迹超越，亦有奇观。”
唐·房玄龄等《晋书》：“帝聪明有机断，尤精物理。于时兵凶岁饥，死疫过半，虚弊既甚，事极艰虞。属王敦挟震主之威，将移神器。帝骑驱遵养，以弱制强，潜谋独断，廓清大昆。改授荆、湘等四州，以分上流之势，拨乱反正，强本弱枝。虽享国日浅，而规模弘远矣。”28
清·王夫之《读通鉴论》：“明帝不夭，中原其复矣乎！天假五胡以乱中夏，气数之穷也，帝乃早世！王敦之横，元帝惴惴而崩，帝以幼冲当多难，举动伟然出人意表，可不谓神武哉？”28
轶事典故
举目见日，不见长安
司马绍年幼时，其父晋元帝闲坐，将他放置在膝前，正遇长安使者来，因问司马绍说：“你说日与长安哪个远？”司马绍回答说：“长安近，不曾听说过人从日边来，由此就可以知道了。”晋元帝觉得奇异。第二天，群臣宴会时又问他这个问题，回答说：“日近。”晋元帝脸色一变说：“怎么和昨天说的不同呢？”司马绍回答说：“抬头就望见日，但却望不见长安。”由此晋元帝更觉得他是个奇童。
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太子西池
司马绍想挖池塘，修亭台，他的父亲晋元帝不答应。当时司马绍还是太子，喜欢招养武士。有一晚半夜叫这些人挖池塘，到天亮就挖成。这就是当时的太子西池。31
据说是东吴时所挖成的，名叫西苑，后来淤泥积满，司马绍时又修复，故俗称太子西池。
遗鞭脱身
太宁元年（323年）六月，王敦将举兵向京师进发，晋明帝暗中得知，于是骑着巴滇骏马微服出行，到王敦驻地于湖，沿着王敦的营区走了一圈就出来了。王敦的士兵发现了，说：“这不是普通人啊！”这天王敦白天睡觉，梦见太阳绕其城，受惊而起，说：“这必定是黄胡须的鲜卑奴来了。”司马绍的母亲荀氏是燕代人，司马绍状貌类似外族人，胡须黄色，所以王敦这样说。于是王敦派五个骑兵去寻找追