奏报，即下令反击。康熙二十五年（1686年）七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。俄将阿列克谢·托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津被清军击毙，俄军改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。侵略军被围困，战死病死很多。826名俄军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清廷请求撤围，遣使议定边界。清廷答应所请，准许沙俄军残部撤往尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）。

    雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年（1689年）七月二十四日缔结了《尼布楚条约》，规定以额尔古纳河-格尔必齐河-外兴安岭为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为中国的领土。