荆州作为北魏南部边防重镇，直面南齐军事压力，战略地位至关重要。
太和二十三年（499年），南齐太尉陈显达率领四万大军进攻北魏荆州，欲收复此前丢失的雍州五郡。
孝文帝诏令元英领兵抵御，然而此战中，元英连战皆败，荆州防线面临崩溃。
孝文帝闻讯后，亲自从洛阳率军南征驰援，行至南阳时，震怒之下免去元英的官爵。
同年四月，孝文帝因病北返，途中驾崩，太子元恪即位，是为宣武帝。
宣武帝即位后，深知元英的军事才能不可多得，加之北魏亟需名将镇守边疆、经略南方，遂重新启用元英，恢复其尚书官职与广武伯爵位，令其代行徐州事务。
景明元年（500年）七月，南齐将军陈伯之侵犯淮南，彭城王元勰镇守寿阳，任命元英为镇南将军，率军讨伐。
元英率军驰援途中，魏军已击败陈伯之，他虽未直接参战，但仍以调度之功受命代行扬州事务，逐步恢复在朝中的地位。
这段由盛转衰、再获起用的经历，让元英更加沉稳审慎，也使其对南北战局的认识更为深刻。
景明三年（502年），萧衍废齐建梁，自立为帝，南齐灭亡，南梁建立。
此时南齐旧部人心浮动，南梁根基未稳，元英敏锐察觉到这是北魏南下扩张的绝佳时机，接连两次上表宣武帝，请求率军南伐。
在奏疏中，元英详细分析了南梁的局势：“南齐皇室争权夺位，内政不稳，义阳距北魏甚近，守军防备薄弱，粮草补给不继，此时进军犹如‘敌人把头伸到了自己刀下’”。
他请求率领三万大军征讨沔阴，进而攻取江陵，后又调整策略，力主先取义阳，认为义阳是南梁北方门户，攻克此地即可打开南下通道。
元英的奏疏言辞恳切，分析透彻，最终打动了宣武帝。
景明四年（503年）八月，宣武帝诏令元英为使持节、假镇南将军、都督征义阳诸军事，率军进攻义阳（今河南信阳）。
南梁司州刺史蔡道恭闻讯，派遣骁骑将军杨由率领城外三千多户民众，在城西南十里的贤首山构筑三层栅栏，与城内守军相互呼应，严密设防。
元英率军抵达后，即刻包围贤首山营垒，焚烧栅栏大门。
杨由驱赶水牛冲出营垒，试图冲击魏军阵型，元英令将士且战且退，避开水牛锋芒，同时分兵合围，切断营垒退路。
当天夜晚，营垒中民众不堪围困，斩杀杨由后开营投降，元英不费吹灰之力便攻占贤首山防线，且“投降百姓相安无事”，再度展现了其恩威并施的治军之道。
同年十一月，元英在白沙击败南梁将领吴子阳，斩杀俘获千余人，进一步扫清义阳外围守军。
正始元年（504年）三月，梁武帝萧衍派遣平西将军曹景宗、后将军王僧炳率领三万大军驰援义阳。
王僧炳统领二万人占据凿岘（今河南信阳南），曹景宗率领一万人紧随其后，形成犄角之势。
元英审时度势，采取分而击之的策略，派遣元逞、曹文敬攻打樊城作为牵制，自己则亲率主力迎战王僧炳，一战大破梁军，俘获斩杀四千余人。
随后，元英在士雅山构筑营垒，与曹景宗对峙，故意示弱，引诱梁军来攻。
梁将马仙琕率领一万余人果然率军偷袭魏军大营，元英令诸军佯败，将梁军诱至平坦地带后，伏兵四起。
魏军统军傅永擐甲执槊，单骑突阵，被箭矢洞穿左大腿后仍拔箭再战，极大地鼓舞了魏军士气。
马仙琕军猝不及防，溃败奔逃，魏军乘胜追击，斩杀梁军羽林监军邓终年及两千三百余人。
不久后，马仙琕再度率领一万余人来战，元英统领诸将分兵出击，再次大败梁军，斩杀将领陈秀之，统军王买奴另攻下东岭梁军阵地，斩杀五百余人。
曹景宗、马仙琕见义阳危急，尽率精锐与魏军决战，双方一日三战，梁军皆大败而归。
此时义阳守将蔡道恭病逝，其从弟蔡灵恩代行州事，守城将士士气低落，战力锐减。
元英趁机加紧攻城，短兵相接，昼夜不息。
蔡灵恩见援兵无望、守城力竭，最终开城投降。
义阳周边的三关守将听闻司州陷落，纷纷弃城而逃，魏军一举攻克义阳及三关，彻底打开了南进的通道。
此役是元英军事生涯的巅峰之作，他主攻方向明确，战术灵活多变，巧用诱敌、伏击、分击等战法，屡破梁军，展现了卓越的战略眼光与指挥艺术。
宣武帝大喜过望，不仅恢复了元英的封爵，更改封其为中山王，食邑一千户，不久后又增封一千户。
元英押送蔡灵恩等数十名南梁重要官员至京城，宣武帝亲自接见，对其大加褒奖慰劳，元英的权势与声望达到顶峰。
正始三年（506年）四月，宣武帝诏令元英为使持节、散骑常侍、征南将军、