为此，崔浩大力推行九品中正制，主张“以门第定贵贱，以才学授官职”，并多次向拓跋焘推荐汉族士族子弟入朝为官。
神麚三年（431年），崔浩计划大规模厘定氏族等级，表弟卢玄劝阻他：“创制立事，各有其时；乐为此者，讵有几人！
宜加三思。”
但崔浩并未听从，坚持推行这一政策。
他曾一次性推荐冀、定、相、幽、并五州的汉族士人数十人，直接任命为郡守，这一举动遭到了太子拓跋晃的反对。
太子认为：“先朝征召的人才，也是州郡之选，任职已久，劳苦功高，应先予以提拔；而新推荐的士人可先任郎吏，积累经验。
况且郡守治理百姓，需要熟悉政务的人，不可贸然任用新人。”
但崔浩固执己见，最终还是将自己推荐的人派往各地任职。
崔浩的这一举措，本质上是试图打破鲜卑贵族垄断政治的局面，让汉族士族获得更多的政治权力，这自然引发了鲜卑贵族的强烈不满。
鲜卑贵族大多出身部落酋大，凭借军功获得爵位和官职，他们对崔浩推崇的“门第制度”极为抵触，认为崔浩是在排挤鲜卑勋贵，偏袒汉族士族。
司徒长孙嵩便曾因崔浩称赞南归士族王慧龙为“贵种”，而向拓跋焘告状，称崔浩“讪鄙国化”，导致拓跋焘大怒，训斥崔浩，崔浩脱帽叩头谢罪才得以幸免。
这些冲突看似是人事任免的分歧，实则是汉族士族与鲜卑贵族争夺政治权力的激烈博弈。
为了让北魏政权获得华夏文明的认同，崔浩极为重视文化建设，其中最具代表性的便是主持编纂北魏国史《国记》。
太延五年（439年），拓跋焘下诏命崔浩以司徒监秘书事，主持修史，明确要求“务从实录”，试图通过编纂国史彰显王朝的统治合法性。
崔浩对这一任务极为重视，组建了以中书侍郎高允为首的修史团队，耗时十年搜集史料，从拓跋部早期的游牧生活，到历代首领的征战历程，再到北魏建国后的重大事件，均详细记载。
崔浩的修史初衷，是想通过真实记录北魏的发展历程，将这个鲜卑政权融入华夏文明谱系，同时彰显汉族士族在王朝建设中的核心作用。
但他却忽略了一个关键问题：鲜卑族作为游牧民族，其早期历史充满了部落纷争、血亲仇杀、“兄死妻嫂”等与华夏礼制相悖的“敏感内容”，这些内容对于极力想要塑造正统形象的拓跋氏皇室而言，是不愿公之于众的禁忌。
更致命的是，崔浩在修史过程中，始终以汉文化的视角评判鲜卑族的过往，字里行间流露出士族阶层的文化优越感，这深深刺痛了鲜卑贵族的民族情感。
修史完成后，崔浩又采纳了着作令史闵湛、郗标的建议，将《国记》刊刻在石碑之上，立于平城郊外的天坛东侧，方圆一百三十步，用工三百万，供天下人阅览。
这一举动看似是为了彰显北魏的文治武功，实则彻底触碰了拓跋氏皇室的底线。
石碑上的“实录”内容，暴露了皇室内部的残酷斗争，甚至详细记录了拓跋焘祖父拓跋什翼犍被儿子拓跋珪所杀的宫廷秘闻，鲜卑贵族看到后无不愤怒，纷纷向拓跋焘告状，指控崔浩“暴扬国恶，污辱皇室”。
崔浩的汉化改革，还涉及宗教领域。
崔家世奉道教，崔浩本人更是笃信道教，师事着名道士寇谦之。
在崔浩的影响下，太武帝逐渐崇奉道教，疏远佛教。
而崔浩之所以极力推崇道教、打压佛教，除了个人信仰因素外，更有政治与经济上的考量——南北朝时期，佛教盛行，大量寺庙道观占据了巨额土地与财富，僧尼道士不事生产、不服徭役，成为社会经济的沉重负担，而打压佛教可以增加国家的财政收入与劳动力。
在拓跋焘镇压盖吴起义的过程中，崔浩曾亲见寺僧藏匿武器，于是借机向拓跋焘进言，主张彻底废佛。
拓跋焘采纳了崔浩的建议，下令关闭长安沙门，焚烧寺院，捣毁佛像，史称“三武灭佛”之一。
此次灭佛行动极为严厉，“一境之内，无复沙门”，朝野间怨声载道。
道士寇谦之曾因杀僧过多，苦求崔浩停止灭佛，但崔浩并未听从。
这场宗教之争，进一步激化了崔浩与各方势力的矛盾。
太子拓跋晃信奉佛教，曾多次劝阻太武帝灭佛，与崔浩产生了严重的分歧。
而广大僧尼与信仰佛教的民众对崔浩恨之入骨。
鲜卑贵族也借灭佛之事攻击崔浩，认为他是在破坏“国俗”。
多重矛盾交织之下，崔浩的处境日益危险，正如中书侍郎高允所言：“崔公其不免乎！
苟遂其非而校胜于上，将何以堪之。”
太平真君十一年（450年）六月，北魏都城平城上演了一场震惊朝野的血腥惨案。
司徒崔浩被押赴刑