这时，李渊族弟李神通，也奉命率唐军攻打盘据在魏县的宇文化及。
守文化及抵挡不住，往东逃往聊城。
李神通占领魏县后，对宇文化及紧追不放。
宇文化及势力单薄、就把从江都行宫抢出来的金银财帛，赠送一些给海曲农民义军头领王薄，求他援助。
王薄得了财宝，带领手下众兵赶到聊城帮宇文化及一起守城，坚持了很多。
突然得知窦建德也领兵来攻打，守城将士很是恐慌。更因为粮食快吃完了，每顿只准吃半饱，兵士怨气很大。
宇文化及没有为法了，写了书信给唐将李神通，表示愿意投降。
李神通看了宇文化及派使者送来的投降书，愤怒地把书信扔在地上，怒骂道：
“杀皇帝的逆贼，还妄想下跪求得不死吗？”
副将崔世干劝李神通：
“他愿意投降，就允许他投降啊！”
李神通斥责崔世干：
“我军劳师远征，在风里吃饭、在雾水中睡觉，都是因为讨伐这个老贼造成的。
现在这个老贼已经吃光了粮食，没有办法才想起投降来了！
我们一两就能攻克聊城，我们应当攻进城去，诛杀他们，并且缴获他的金银财宝赏给我军兵士。这样以显示国家威严。
如果允许他投降，请问用什么名义做这些事儿？”
崔世干：
“如今窦建德十几万大军朝这边赶来。
宇文化及我们还没能平定，他们内外夹攻我军，我军必败。
允许他投降，成功就在眼前。咱们不用打就进了城，我们占据城池而守，窦建德来了我军也不怕他了。
为什么为了宇文化及的金银财宝，不允许他投降？他投降了，取他金银财宝，除他性命还不都是我军了算啊？”
李神通听罢大怒，令兵士把副将崔世干关押了起来。
随后，宇文化及的弟弟宇文士及已领兵从济北运粮入城。
字文化及、王薄军队又有粮食吃了，他们于是又不投降了，继续坚守聊城抗击唐军。
李神通统领下的唐贝州刺史赵君德领兵奋勇登城，李神通看他要成功了，又赶紧敲铜锣收兵。
赵君德孤军奋战，又听到鸣金只好退兵。
他回营责问李神通：
“眼看我已领兵登城成功，你为什么鸣金收兵？”
李神通：
“窦建德大军到了，咱已经没法攻城了呀！”
赵君德登上高坡向东方远望，哪有窦建德大军的影子？一兵一卒也望不见。
他知道李神通怕他抢了头功。不由长叹一声：
“这李神通亏是李渊皇帝的族弟，人家投降他不接受，攻城能成他赶紧叫停，这智商无语！
不见李神通有啥神通，只见他一窍不通！唉——！”
过了一夜，第二亮，唐军才听着见战鼓咚咚、长钟当当作响。知道这是窦建德的大队兵马，真的来了。
李神通见他声势浩大，人数远超唐军，只好领兵退去。
宇文化及得唐军已退走，攻城的只剩下窦建德农民军，便领兵放胆出城，同窦建德将士作战。
没承想交战不到几个回合，宇文化及兵士被窦建德军队杀得七零八落，纷纷逃进城里。
宇文化及拍马回城，他的败军也蜂拥而入，重新关闭城门拒守。
窦建德领兵围攻，王薄领兵登上城墙抵御，相持到黑。
这晚上，攻城越发猛烈，王薄怕守不住，急忙派人去告诉宇文化及，让他领他的属下兵士一起守卫。
使者返回：“宇文化及已经入睡了。”
王薄气愤地：
“这都什么时候了，他还敢安心睡觉？
想这等嗜酒好色，荒淫无度之人，怎么能干成事？我苦守城池,他在睡觉，我为什么还为他效力？”
完命令部下打开城门，迎接窦建德军队进城。
窦建德领兵进城，搜捕捉拿宇文化及。卑劣无耻的宇文化及正搂着萧皇后睡觉。
他猛然听见屋外喊杀声震响，方才匆匆起床，穿好衣服，向外面胡乱奔逃。
刚好这个时候，窦建德的兵士赶到，几个兵士上前一把抓住了守文化及，找来绳子把他捆绑得结结实实。
这时，字文智及、杨士览、武元达、许弘仁、孟景等，有的骑上马快逃，有的挥舞兵器同窦军将士拼死搏斗。
结果他们逃到无路可逃被拦截住，打得气力用尽乖乖就缚，都被窦军兵将捉住。
窦建德率兵消灭了宇文化及属下全部兵士。
窦建德率兵到皇后屋门外，对屋里的萧皇后喊到：
“臣民窦建德向皇后大人问安！
叛贼宇文化及已被我的部下兵士捉拿擒住。
请皇后出来与臣民话！”
萧皇后自隋炀帝被