崇祯登基后明朝中央政府机构中遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。为此，东林君子们认为清算魏党的战斗刻不容缓。这是可以理解的，天启一朝作为在野党被打压了好几年，一批骨干离开了朝堂，终于换了个新皇帝，自然要将局面尽快扳回来。
崇祯帝一开始是非常信任这些东林君子的，先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。
从天启七年十一月至崇祯二年三月，清查阉党逆案的罗网撒开。除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。
顿时朝堂一片欢腾，海内一片清明的景象。唯一让人遗憾的是东林君子们主导的清算，这么多人被抄家却没有几两银子入国库，可见阉党骨干恶劣，当然不是因为阉党清廉而是宁愿藏起来让人永远找不到也不给朝廷。真正是罪大恶极、死有余辜！