1937年后北方各高校纷纷南迁，京大、清华、南开三校合并，在爱上书屋。钱先生将历年讲授中国通史增删积成的五六厚册笔记装入衣箱底层夹缝，在十月与汤用彤、贺麟三人结伴，自天津海行，南下长沙，开始了抗战时期流转西南八年的学术生涯。
与在京大时期一样，钱先生在西南联大主讲中国通史，也吸引了大批学生，内迁西南的各个高校都纷纷请他讲学。傅斯年曾是国学大师黄侃门下的高足，也是胡先生最得意的学生之一。30年代，钱先生任教京大时，即与傅斯年相识。钱先生与他在学术观点上又是同不胜异的。
在钱先生看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱先生自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批评。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱先生的攻击自然不会高兴。京大复校，钱先生不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。二人终于未能成为真正的“同道”。至此，钱先生告别了京大，与傅斯年分道扬镳了。
由于钱先生早已名重学林，所以各高校争欲聘请。他往返于各地之间，在几个大学讲学著述；1947年，家乡的江南大学正式成立，应荣德生先生之邀，翌年春，出任江南大学首任文学院院长兼历史系主任一职。
钱先生是国学大师，晚年的时候，他曾写了一部《师友杂忆》，书中，有一部分章节记述了自己的教育经历，其中给我们留下深刻印象的，是他读中学时的一次考试。那是一次地理考试，只有4道题，满分100分，每道题25分，钱先生拿到试卷后，从第一道题开始审题，审到第三道题的时候，他兴奋了。
原来啊，这道题的内容是关于长白山地势军情的，他对这个问题一直很感兴趣，此前曾读过很多这方面的资料，所以看到这道题之后，便情不自禁地开始答题，而且不是“为了答题而答题”，完全是兴之所至，洋洋洒洒地尽情挥毫，早已经忘了自己当时是在考场上。也不知过了多久，他总算把这个题目答完了，便从头到尾开始检查，可就在此时，交卷的铃声响起，可他只顾着全神贯注地答第三道题，余下三道题，他一个字也没写，但已经来不及了，只好悻悻地把卷子交了上去。
按照常理推算，钱先生的这次考试，是不能及格了，因为他只答了四分之一的题，即使那道题给他满分，他也只能得25分。可是，卷子发下来后，钱先生惊讶地发现自己竟然得了75分!
原来，负责这次判卷的是史学大师吕思勉，吕先生看到钱先生的卷子后，发现他虽然只答了一道题，但这道题答得特别出色，论证合理、充分，对于一个中学生，能做到这一点，实在是难能可贵。吕先生素有爱才之心，他就钱先生的这道题写了长长的批语，对钱先生的答案给予了高度肯定，同时也指出了其中的不足之处，并给出了75分的成绩，使钱先生仅凭一道题就及格了。
由此可以看出，作为评卷人的吕思勉，并没有按照僵化的规定去评卷，而是用灵活的方式，对学生的创造力进行鼓励。
1949年钱先生虽没有赴岛，却也因为忧心时局，与不少知识分子经广州去了南港。在南港，自认是流亡知识分子的钱先生，除在徐复观主持的《民主评论》发表文章外，又与谢幼伟、唐君毅、崔书琴等学者，借用华南中学在九龙伟晴街的课室三间，筹办“亚洲文商夜学院”，实现为中国人办教育的目的。
1956年钱先生为新亚书院争取到美国方面每年2.5万美元的补助，解除了新亚书院的经济危机。1963年，南港政府邀请新亚书院、崇基书院、联合书院合并组成一所新大学——南港中文大学。中文不是语文的意思，而是文化之意。
据说当时想了很多名字—中国大学，中华大学，最终还是钱先生坚持，“不如叫中文大学”。钱先生还坚持必须由中国人担任校长，为此曾与港英政府斡旋良久，“所争乃原则性者，他日物色校长人选，余决不参一议。”当时港英政府派来商议的英国人富尔敦，通粤语，读中国书，曾说钱先生“君心如石，不可转也。”当时，钱先生期待的是，自此中文在南港再不受轻视。“山岩岩，海深深，地博厚，天高明，人之尊，心之灵，广大出胸襟，悠久见生成，珍重，珍重，这是我新亚精神。”这首广为流传的《新亚校歌》，歌词是钱先生亲自写的。“南港原来是殖民地社会，